财务审计处是所财务管理和审计工作的职能管理部门，负责全所财务管理、税务管理、会计核算和审计工作。
财务审计处主要职责包括：

1.负责制订全所财务管理、会计核算的规章制度；保证全所财务会计工作的安全合规运行。
2.负责全所资金的筹集和调配，保证全所资金的合理有效使用。
3.负责组织和编制全所年度事业预算，编报年度中央部门预算，协助课题组编制科研项目预算；并对各类预算的执行、控制及结果进行全过程的监督检查。
4.负责全所财务资金结算工作，包括各类款项支付的审核、监督和付款；各类收入的收帐和票据开具。
5.负责国库支付的管理工作，包括用款计划申报、核算、支付、对帐、用款情况上报。
6.负责全所工资、助学奖学金、离退休费用和奖金等的发放。
7.负责发票管理工作，包括发票申购、保管、领用、开具、增值税抵扣联的认证；编制报送各类月度、季度、年度报表。
8.负责全所的会计核算工作，包括全所各项收支核算、资产核算、负债核算、课题成本核算、往来款项核算、工资核算、内部费用核算；组织和编制各类财务报表。
9.负责全所会计决算工作，组织和编制事业会计年度决算报表；
10.负责质量成本核算工作，包括质量成本数据的收集汇总和分析、编制质量成本财务报告。
11.负责全所基本建设项目的财务会计工作，包括基建项目经费收支结算、项目会计核算、 编制报表。
12.负责会计档案的收集、整理、装订归档工作。
13.负责各项税金核算、申报、缴纳工作；出口货物专用缴款书的资格认定、检查和报批；技术开发和技术转让收入的免税和出口货物专用缴款的退税申请；税务部门要求的一般纳税人资格的年检，国税地税证件的检查、换证，税务查帐；并向所有关部门和职工提供税务咨询。
14.负责对全所经济活动和所属公司的经济活动进行审计监督；配合审计署驻沪特派员办事处对我所的审计工作；参加分院组织的系统内部审计。